Sequence Analysis Tool

1. Sequence identification

   • ExPASy Tools : Similarity Searches
   • BLAST : NCBI BLAST (blastn – blastp – blastx, tblastn, tblastx) – EMBNet
   • FASTA : EMB FASTA (Nucleotide – Protein – Blitz) – TFASTA
   • Enhanced BLAST : BCM Beauty
2. Sequence Alignment
   • ExPASy Tools : Sequence Alignment
   • Binary sequence alignment Blast2 : NCBI – EMB
   • Multiple sequence alignment ClustalW: EMB – PBIL – EMBNet
   • Multiple sequence alignment Multalin: INRA
3. Sequence Translation
   • ExPASy Tools : DNA -> Protein
   • DNA -> Protein Translation : ExPASy – BCM
   • DNA -> Protein and cDNATranslation : Wise2
   • DNA -> Protein Forward/ Reverse Translation : Transeq
4. Protein Physical Properties Prediction
   • ExPASy Tools : Pattern and profile searches – Post-translational modification prediction – Topology prediction
   • Computation of various protein physical and chemical parameters : Protparam tool 
   • Prediction of transmembranedomain : TMpred
   • Prediction of subcellular localization : PSORT – TargetP
   • Prediction of signal peptide : SignalP
   • Search for signature domains of functional motifs : ScanProsite
5. Protein Analysis Utilities
   • Restriction Enzyme Mapping Utility : Webcutter 2.0
   • Enzyme Information Databank : BRENDA
   • Coloring Protein Sequence : Protein Colourer
6. VI) Cloning Utilities
   • Sequence Conversion -> Reverse Complementary : ReadSeq.pl v.1.2 – Web READSEQ
   • Primer Design from DNA sequence : Primer3